Dans un communiqué publié ce 11 janvier, l’Inserm (Institut national de la santé et de la recherche médicale) cherche à calmer les inquiétudes sur le fameux variant anglais du coronavirus. Ce variant du SARS-CoV-2 (VUI 202012/01 renommé VOC 202012/01) qui a émergé de façon rapide depuis septembre depuis le sud-est de l’Angleterre suscite de nombreuses interrogations. En France, des personnes porteuses du variant ont été identifiées dans plusieurs villes dont Marseille, Lille ou encore Paris et l’estimation du nombre de cas est probablement encore sous-évaluée. Le variant aurait par ailleurs déjà été détecté dans des dizaines d’autres pays. Pour mieux appréhender l’impact potentiel des mutations du virus et l’émergence de nouveaux variants, l’Inserm fait le point en voulant couper court aux fausses infos.
Tous les virus mutent : après avoir infecté nos cellules, ils se multiplient en réalisant des copies d’eux-mêmes. Ce processus n’est pas parfait et les copies peuvent comporter des « erreurs » : les fameuses mutations. Le matériel génétique des copies virales diffère alors du matériel génétique du virus de départ.
Ces mutations peuvent n’avoir aucune conséquence, voire même avoir un effet négatif sur le virus. D’autres en revanche peuvent avoir un impact par exemple sur la transmissibilité du virus ou sur la gravité de la maladie.
Si les mutations favorisent la circulation du virus (on dit que ces mutations sont sélectionnées positivement), elles entraînent alors l’implantation du nouveau variant, qui peut en quelques mois seulement devenir le variant dominant.
Tout l’enjeu de la surveillance et du séquençage des virus circulant (c’est-à-dire la détermination de leur code génétique) est non seulement d’identifier les mutations rapidement mais aussi de chercher à comprendre leurs effets potentiels sur les patients et sur la dynamique de l’épidémie. Depuis le début de la pandémie, le SARS-CoV-2 a déjà muté de nombreuses fois et il existe des dizaines de lignages de SARS-CoV-2, mais ces mutations n’avaient pas eu d’impact majeur jusqu’ici.
Identifié au Royaume-Uni
Un « variant » est un organisme (ici le virus SARS-CoV-2) qui se distingue du virus d’origine par une ou plusieurs mutations. Le 14 décembre 2020, les autorités sanitaires au Royaume-Uni ont alerté l’OMS de l’émergence du nouveau variant, désigné sous le nom de « SARS-CoV-2 VOC 202012/01 ». Ce dernier est d’abord apparu dans le sud-est de Londres et il est désormais majoritaire dans le pays. Les causes exactes de son émergence demeurent encore incertaines.
Pourquoi ne pas profiter d’une lecture illimitée de UP’ ? Abonnez-vous à partir de 1.90 € par semaine.
Ce variant se distingue de la souche de référence par 23 mutations, dont 17 affectent la nature de protéines essentielles. Il s’agit de substitutions de nucléotides[1] (les molécules organiques à la base de l’ADN) et de délétions de nucléotides[2]. Certaines de ces mutations se situent au niveau de la protéine Spike du virus, qui lui sert de point d’attache pour s’arrimer à nos cellules et les infecter. Si l’effet de cette nouvelle combinaison de mutations n’a pas encore été caractérisé, certaines d’entre elles ont été étudiées individuellement par le passé. Elles pourraient notamment affecter la transmission du virus, sa capacité à se répliquer, voire même son antigénicité (sa capacité à être reconnu par le système immunitaire).
Les données cliniques recueillies jusqu’ici confirmeraient que ce variant possède une capacité accrue de transmission (de 50 à 70% supérieure aux SARS-Cov-2 « classiques ») sans modification significative de sa virulence. Le faible nombre de réinfections identifiées ne permet pas de tirer de conclusions sur l’efficacité de la réponse immunitaire croisée entre ce variant et les virus précédents.
Accumuler des connaissances scientifiques sur le variant
En l’état, les chercheurs supposent que les mutations de la protéine Spike ne modifieraient pas de façon majeure sa capacité à être reconnu par le système immunitaire ; les vaccins distribués actuellement resteraient donc efficaces. Des données de laboratoire devront toutefois confirmer cette hypothèse. Il faudra également vérifier l’impact de ces mutations sur la capacité des jeunes enfants à être infectés par le variant et à le transmettre, ce qui pourrait modifier la place que nous leur donnons actuellement dans la circulation virale.
En outre, des chercheurs ont souligné que l’une des délétions locales dans le gène codant la protéine Spike entraine une anomalie de certains tests RT-PCR (test Thermofisher). Cependant, les tests actuellement commercialisés détectent plusieurs régions du génome viral (RT-PCR multiplex) si bien qu’actuellement, il n’y a pas d’inquiétude sur les tests de diagnostic.
Les scientifiques se montrent très prudents face à ce nouveau variant, estimant qu’il faut surtout continuer à accumuler des connaissances sur le sujet, à limiter sa diffusion dans les populations par une détection et un isolement précoce des porteurs, et à accroître les capacités de séquençage afin de mieux définir le niveau de circulation de cette nouvelle souche. Il convient aussi de s’intéresser à d’autres facteurs extérieurs qui pourraient expliquer la plus forte transmission du variant à cette période de l’année (climat plus propice à la transmission, rassemblements et fêtes de fin d’année…).
Un autre variant a également été identifié en Afrique du Sud le 18 décembre 2020, désigné sous le nom de « variant 501Y.V2 ». Il présente également des mutations au niveau de la protéine Spike. Les études préliminaires indiquent qu’il est rapidement devenu dominant dans le pays – il aurait émergé en août dernier – et qu’il est probablement plus transmissible et associé à une charge virale salivaire plus élevée. Là encore, aucune donnée ne vient soutenir l’idée qu’il causerait des formes plus sévères de Covid-19.
Renforcer le séquençage et la collaboration entre chercheurs
Afin de mieux suivre l’évolution et la diffusion de ces variants dans la population ainsi que leur impact clinique, il est très important de mettre en place une stratégie robuste de surveillance et de séquençage de virus. Celle-ci doit s’accompagner d’une mise à disposition très rapide des séquences sur des bases de données internationales en accès libre, avec l’ensemble des données associées (sexe, âge, date et lieu du prélèvement etc.). Comme l’indique un récent article du New England Journal of Medicine, il s’agit d’avoir une approche proactive pour suivre la manière dont le SARS-CoV-2 mute et mieux contrôler l’épidémie.
Pour le suivi de ces mutations, les scientifiques s’appuient sur des technologies de séquençage haut débit pour décrypter le génome entier du SARS-CoV-2. Ces technologies, développées pour le séquençage du génome humain, permettent d’obtenir un grand nombre de données afin de caractériser finement le génome viral. Elles sont plus précises et plus performantes que la technique « ancestrale » de séquençage appelée méthode Sanger (du nom de son inventeur). Ces techniques « haut débit », bien qu’elles soient assez lourdes et coûteuses s’avèrent nécessaires dans le cas de ce nouveau coronavirus en raison de la taille très importante de son génome (environ 30 000 nucléotides ; à titre de comparaison, le VIH a un génome d’un peu de plus de 9 000 nucléotides).
Ces travaux doivent donc s’appuyer sur une collaboration étroite entre virologues et bio-informaticiens afin de pouvoir analyser et organiser de manière cohérente les très nombreuses données qui sont issues d’un séquençage du génome complet du SARS-CoV-2, puis d’identifier les éventuelles mutations.
Dans ce cadre, un autre outil a montré son utilité pendant cette pandémie : GISAID, la plateforme de collecte et d’analyse des données de séquences du SARS-CoV-2. Mise en place à l’origine pour rassembler et analyser les séquences du virus de la grippe, GISAID permet aux chercheurs d’avoir accès rapidement à plus de 130 000 séquences complètes du virus provenant de 122 pays. Cette plateforme est donc très importante pour suivre les évolutions du SARS-CoV-2 et de la pandémie. Échanger des informations via cette base de données sur les mutations d’intérêt permet aux scientifiques de mieux anticiper l’émergence de variants ayant potentiellement un impact sur la trajectoire de l’épidémie et sur l’évolution de la maladie.
Pour lutter contre la désinformation et privilégier les analyses qui décryptent l’actualité, rejoignez le cercle des lecteurs abonnés de UP’
Comme tous les virus, le SARS-CoV-2 va continuer à muter et dans les prochains mois, d’autres variants pourraient potentiellement émerger. Ils pourraient être recherchés par les scientifiques par exemple lorsque l’on identifie un foyer où la circulation du virus semble plus rapide ou si la maladie change de présentation clinique. Cette recherche pourrait en parallèle s’appuyer sur une analyse plus aléatoire en séquençant plus systématiquement des souches hospitalières, des souches de ville, chez des patients et des porteurs non-symptomatiques et en respectant un maillage territorial pertinent.
Texte rédigé avec le soutien de Vincent Maréchal, professeur de virologie et chercheur au Centre de recherche Saint Antoine (Inserm/Sorbonne Université) et Anne Goffard, virologue au Centre d’infection et d’immunité de Lille (Inserm/Université de Lille/Institut Pasteur de Lille/CHU de Lille)
[1] Remplacements de nucléotide par un autre
[2] Suppression d’un ou plusieurs nucléotides du code génétique du virus
Source Inserm
Image d’en-tête : Coronavirus SARS-CoV-2 accrochés au niveau des cils de cellule épithéliale respiratoire humaine. © Manuel Rosa-Calatrava, INSERM ; Olivier Terrier, CNRS ; Andrés Pizzorno, Signia Therapeutics ; Elisabeth Errazuriz-Cerda UCBL1 CIQLE. VirPath (Centre International de Recherche en Infectiologie U1111 Inserm – UMR 5308 CNRS – ENS Lyon – UCBL1). Colorisé par Noa Rosa C.
