Le mystère reste entier sur l’origine du coronavirus

C’est une énigme qui s’est installée dès les premiers jours de la pandémie. D’où vient ce coronavirus qui a mis le monde sens dessus dessous ? Les hypothèses sont allées bon train et chacun a avancé son explication : le virus vient d’une chauve-souris, d’un pangolin, il s’est échappé d’un labo chinois, il a été fabriqué intentionnellement pour détruire le monde… Quand on ne sait pas, les idées sérieuses comme farfelues abondent et les théoriciens du complot se régalent. Mais il n’en demeure pas moins que nous ne savons toujours pas avec certitude quelle est l’origine de ce coronavirus responsable de la Covid-19.  Plusieurs pistes émergent mais aucune ne se distingue avec certitude. Il faudra bien pourtant le savoir pour éviter que cette étrange tragédie, d’aventure ne recommence.

Depuis le début de la pandémie, la question de l’origine du coronavirus a été l’une des plus grandes énigmes. Il est presque certain qu’il provient de chauves-souris, et une nouvelle étude publiée cette semaine — l’analyse la plus complète des coronavirus en Chine — ajoute du poids à cette théorie. Toutefois, le manque de clarté sur la manière dont le virus est passé des animaux aux humains a laissé le champ libre à des théories infondées, dont l’une, promue sans le moindre discernement par le président américain Donald Trump, fait croire que le virus s’est échappé d’un laboratoire en Chine.

En revanche, la plupart des chercheurs affirment que l’explication la plus probable, compte-tenu de ce que l’on sait jusqu’à présent sur ce virus et d’autres comme lui, est que les chauves-souris l’ont transmis à un animal intermédiaire, qui l’a ensuite transmis à l’homme. La grande question est de savoir quel est l’animal transmetteur. À la mi-mai, l’Assemblée mondiale de la santé, principal organe décisionnel de l’Organisation mondiale de la santé, a adopté une résolution appelant l’agence à travailler avec d’autres organisations internationales pour identifier cette source animale.

Retrouver la source animale de la pandémie ne sera pas chose aisée. Les scientifiques affirment que la complexité de la nature des preuves recherchées rend la tâche très ardue. De même, il sera extrêmement compliqué d’exclure complètement la théorie selon laquelle le virus prendrait sa source dans le laboratoire de virologie de Wuhan.  

En effet, le fait que ce laboratoire (le WIV, pour Wuhan Institute of Virology), très réputé pour ses travaux sur les coronavirus, soit situé dans la ville même où la pandémie a commencé, instille le trouble. Le travail de pointe que les chercheurs de ce labo effectuent pour élucider l’origine de la pandémie, ainsi que les spéculations non fondées sur son rôle possible dans l’épidémie, l’ont propulsé sous les feux de l’actualité. Une enquête indépendante sur place sera probablement le seul moyen d’écarter de manière convaincante le laboratoire comme source possible de l’épidémie, mais les scientifiques pensent qu’une telle enquête est peu probable, étant donné l’environnement géopolitique brûlant qui entoure la question.

L’origine animale du coronavirus

Dans une étude qui vient d’être publiée, des chercheurs ont analysé des séquences partielles de quelque 1240 coronavirus trouvés chez des chauves-souris en Chine. Ils indiquent que le virus qui alimente la pandémie, le SRAS-CoV-2, est le plus étroitement lié à un groupe de virus trouvés chez les chauves-souris du genre Rhinolophus, ou chauve-souris fer à cheval. Ces espèces très nombreuses, se répartissent un peu partout dans le monde, et sont caractérisées par les membranes nasales contournées qui entourent leur nez et en particulier par la membrane inférieure en forme de fer à cheval.

Cette découverte vient s’ajouter à une analyse précédente selon laquelle un coronavirus, le RATG13, que certains des auteurs ont trouvé chez des chauves-souris en fer à cheval intermédiaires (Rhinolophus affinis) dans la province du Yunnan, partage 96 % de sa séquence génétique avec le CoV-2 du SRAS.

Les auteurs de la dernière étude notent que le groupe viral auquel les deux virus appartiennent semble avoir son origine dans la province du Yunnan. Mais comme l’équipe n’a recueilli des virus que sur des sites en Chine, ils ne peuvent exclure qu’un ancêtre du CoV-2 du SRAS puisse provenir des pays voisins, le Myanmar et le Laos, où vivent également des chauves-souris en fer à cheval.

L’un des co-auteurs de l’étude est Shi Zheng-Li, la virologiste du WIV dont les travaux approfondis sur les coronavirus en Chine ont attiré une attention particulière pendant la pandémie. Il faut dire que cette scientifique, que ses collègues appellent la « batwoman », a passé ces seize dernières années à multiplier les expéditions dans les grottes peuplées de chauves-souris. Sa cible principale, ce sont les rhinolophes, très abondantes en Asie du Sud, nichant volontiers dans des grottes profondes et étroites sur des terrains escarpés.

Souvent guidés par les conseils des villageois locaux, Shi et ses collègues crapahutent pendant des heures vers les sites potentiels et se faufilent dans des crevasses rocheuses étroites en rampant sur le ventre. Parfois, les mammifères volants s’avèrent insaisissables. Il n’est pas rare qu’une semaine d’expédition et la visite de plus de trente grottes ne se traduisent que par l’examen d’à peine une douzaine de chauves-souris. Ces expéditions faisaient partie de l’effort pour attraper le coupable de l’épidémie de SRAS, la première grande épidémie du XXIe siècle. C’était la première apparition d’un coronavirus mortel avec un potentiel pandémique. L’incident a contribué à lancer une recherche mondiale de virus animaux susceptibles de se retrouver chez l’homme. Shi a été une des premières recrues de cet effort, spécialisée sur les rhinolophes. Depuis cette période, la virologue a acquis une réputation mondiale pour son expertise et fut une des premières à annoncer le risque que des virus de chauves-souris se propagent chez l’homme.

La virologue est catégorique, aucun des virus de chauves-souris qui ont été jusqu’à présent référencés n’est suffisamment similaire au SRAS-CoV-2 pour être un ancêtre direct. Certes, le nouveau virus a pu être transmis directement par les chauves-souris, mais ce qui lui paraît plus probable, c’est que la propagation du coronavirus s’est faite par un animal intermédiaire.

Les preuves suggèrent que le coronavirus apparenté qui cause le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) a été transmis à l’homme par des chauves-souris au moyen de civettes, et que les chameaux ont été la source intermédiaire d’un autre virus apparenté qui cause le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (MERS). On a découvert que ces espèces hébergeaient des versions de ces virus presque identiques à celles observées chez l’homme.

Trouver un virus presque identique au SRAS-CoV-2 chez un animal serait la preuve la plus convaincante de la manière dont il est transmis à l’homme. Il faudrait pour cela prélever de nombreux échantillons de coronavirus dans la faune et le bétail en Chine et mener une recherche qui s’apparenterait à celle d’une aiguille dans une botte de foin. L’expérience des recherches de ce type pour d’autres virus montre que le travail peut durer des années avant qu’un résultat n’émerge.

Les premiers cas de SRAS sont apparus en novembre 2002, mais la cause n’a pas été identifiée comme étant un coronavirus avant avril 2003. À cette époque, les autorités soupçonnaient déjà que des animaux étaient impliqués, car plus de 30 % des premiers cas dans la province de Guangdong, en Chine, où l’épidémie a débuté, concernaient des travailleurs d’un marché d’animaux vivants. Un mois plus tard, des chercheurs ont découvert le virus chez des civettes dans des marchés d’animaux vivants. Les scientifiques ont ensuite établi un lien entre les civettes et des cas de SRAS chez des personnes – une serveuse et un client d’un restaurant servant des civettes de palmier (Paradoxurus hermaphroditus) ont été testés positifs pour le virus, ainsi que six des animaux. Mais il a fallu près de 15 ans et des prélèvements d’animaux approfondis pour trouver un virus étroitement apparenté chez les chauves-souris. C’est Shi Zheng-Li qui a dirigé l’équipe qui a prélevé des milliers de chauves-souris dans des grottes isolées en Chine. Et même s’ils ont trouvé tous les composants génétiques du virus du SRAS, ils n’ont pas trouvé un seul virus ayant la même constitution génétique.

Les scientifiques pensent que l’identification de la source animale du CoV-2 du SRAS pourrait prendre tout autant de temps. Des groupes dans le monde entier utilisent déjà des modèles informatiques, la biologie cellulaire et l’expérimentation animale pour étudier les espèces sensibles au virus – et donc peut-être la source – mais jusqu’à présent, sans succès certain.

Un virus échappé d’un laboratoire

L’Institut de virologie de Wuhan (WIV) abrite un laboratoire de sécurité maximale qui fait partie des quelques dizaines de laboratoires de niveau de biosécurité de niveau P4 dans le monde. Bien qu’il n’y ait pas de preuve que le virus se soit échappé de ce laboratoire, les scientifiques disent qu’il sera difficile et long d’exclure complètement cette hypothèse.

Le laboratoire contient une collection de coronavirus potentiellement liés au SRAS-CoV-2 ; il est donc possible que l’un d’entre eux se soit échappé. Il est de l’ordre du plausible qu’un employé de laboratoire ait été accidentellement infecté par un échantillon de virus ou un animal dans l’établissement et l’a ensuite transmis à quelqu’un en dehors de l’établissement. Il est également possible, en théorie, que les scientifiques du laboratoire aient modifié le génome du virus à des fins de recherche avant qu’il ne s’échappe, mais, là encore, rien ne prouve qu’ils l’aient fait.

Shi Zheng-Li, la « batwoman » chinoise répète inlassablement que le laboratoire ne détient pas de virus similaire au CoV-2 du SRAS. Pourtant, la spécialiste des coronavirus confiait fin février qu’à l’annonce de la découverte d’un nouveau coronavirus sur des patients de Wuhan le 30 décembre, elle a craint que le virus ne vienne de son laboratoire. « Cela m’a vraiment fait perdre la tête. Je n’ai pas fermé l’œil pendant des jours », a-t-elle raconté, jusqu’à s’assurer, et de certifier aujourd’hui que les séquences génomiques du virus humain ne correspondaient pas à celles des virus de chauves-souris échantillonnés par son laboratoire.   

En avril dernier, le directeur du WIV, Yuan Zhiming, répète que le virus ne provenait pas du laboratoire. Il a déclaré à la chaîne publique chinoise CGTN : « Nous savons quelles recherches sur les virus sont menées, nous savons comment les virus sont gérés, nous savons comment les échantillons sont gérés. Le virus ne vient certainement pas d’ici ». Harcelés par les médias du monde entier, les responsables du laboratoire refusent désormais de répondre aux questions en attendant l’installation d’une enquête officielle.

Nous restons donc au niveau des spéculations. Une certitude toutefois, le laboratoire de Wuhan n’est pas un petit labo anodin. Il fait figure d’un des lieux les plus avancés au monde en matière de recherche sur les virus. Bijou de haute technologie, la sécurité y est maximale : les chercheurs, équipés de scaphandres se consacrent à l’étude de micro-organismes du groupe de risque 4, c’est-à-dire des agents hautement pathogènes – caractérisés par un haut taux de mortalité, un pouvoir de dissémination très élevé, et pour lesquels il n’existe pas de traitement. Il faut préciser que ce labo est le fruit d’une coopération franco-chinoise inauguré en grandes pompes en 2017. Depuis, la France s’est trouvée évincée de ce lieu, les Chinois se révélant prompts à en garder la main. Selon une enquête de Médiapart, cinquante chercheurs français devaient y travailler ; aucun n’y a jamais mis les pieds. « Cet échec était prévisible dit le site d’information, parfois même annoncé depuis plusieurs années par des responsables d’administration de la défense et de la santé qui ont alerté les gouvernements français des risques inhérents à ce transfert de technologie vers la Chine ». Clonage de technologie devrait-on dire, car Le P4 de Wuhan est en effet la réplique parfaite du laboratoire P4 construit à Lyon par la fondation Mérieux, aujourd’hui entre les mains de l’Inserm.

De fait, on ne trouve aucune trace d’un quelconque incident dans ce laboratoire. Pourtant, le fait qu’un virus s’échappe d’un labo de recherche n’est pas impossible. C’est déjà arrivé notamment en Chine : une propagation accidentelle du SRAS a été retracée dans un laboratoire de Pékin en 2004, lorsque des chercheurs y sont tombés malades. Un incident qui n’a entraîné aucune épidémie. Les gens qui travaillent dans le labo de Wuhan auraient pu être infectés si le virus s’était échappé. Or aucun cas de maladie n’a jamais été signalé.

Pour en avoir le cœur net, il faudrait une enquête approfondie, digne d’une enquête de police scientifique. Selon plusieurs scientifiques interrogés par la revue Scientific American, pour déterminer si le laboratoire a un rapport avec le virus, il faudrait procéder à une enquête médico-légale. Les enquêteurs auraient à chercher des virus qui correspondent à la séquence génétique du SRAS-CoV-2 et, s’ils en trouvaient un, il leur faudrait trouver toute preuve qu’il aurait pu s’échapper. Pour ce faire, les autorités devraient prélever des échantillons dans le laboratoire, interroger le personnel, examiner les livres de laboratoire et les registres des incidents de sécurité, et voir quels types d’expériences les chercheurs avaient réalisés, explique dans Nature Richard Ebright, biologiste à l’université Rutgers de Piscataway, dans le New Jersey.

Dans une interview accordée à la publication chinoise Caixin en février, Shi Zheng-Li a déclaré qu’elle espérait qu’une enquête soit menée, car elle était convaincue qu’aucun lien ne serait trouvé entre son institut et le nouveau coronavirus. Les médias d’État chinois ont également déclaré qu’une enquête était probable, bien qu’aucun détail n’ait été divulgué à ce jour.

Un produit de la nature ou une création humaine ?

Des scientifiques ont étudié en détail le génome du virus et conclu qu’il est apparu naturellement plutôt que dans un laboratoire. Une analyse publiée dans Nature Medicine le 17 mars se penche sur plusieurs caractéristiques inhabituelles du virus, et suggère comment elles sont probablement issues de processus naturels.

Cette constatation met à mal la théorie aux accents complotistes selon laquelle le coronavirus responsable de la Covid-19 aurait été créé en laboratoire. Les auteurs de l’article expliquent que, lorsqu’ils réalisent des expériences visant à modifier génétiquement un virus, les chercheurs doivent utiliser l’ARN d’un coronavirus existant comme épine dorsale. Si les scientifiques avaient travaillé sur la « fabrication » d’un nouveau coronavirus, il est probable qu’ils auraient utilisé une épine dorsale connue. Mais les auteurs de l’étude signalent qu’aucun virus connu enregistré dans la littérature scientifique n’aurait pu servir de colonne vertébrale pour créer le CoV-2 du SRAS.

Les chercheurs font ensuite observer que, pour pénétrer dans les cellules, les coronavirus utilisent un « domaine de liaison au récepteur » (RDB) pour s’accrocher à un récepteur à la surface de la cellule. Le RDB du SRAS-CoV-2 a des sections qui ne ressemblent à celles d’aucun autre coronavirus. Bien que les preuves expérimentales – et l’ampleur de la pandémie – montrent que le virus se lie avec succès aux cellules humaines, les auteurs notent que les analyses informatiques de ses parties uniques du RBD prédisent qu’il ne devrait pas se lier parfaitement. Les auteurs suggèrent qu’en conséquence, personne n’essaierait de concevoir un virus de cette manière, avec une telle imperfection, ce qui rend plus probable l’émergence de cette caractéristique comme résultat de la sélection naturelle plutôt que d’une manipulation génétique.

Les auteurs soulignent également une autre caractéristique inhabituelle du SRAS-CoV-2, qui fait également partie du mécanisme qui aide le virus à se frayer un chemin dans les cellules humaines, connu sous le nom de site de clivage de la furine. Les auteurs affirment que les processus naturels peuvent expliquer l’apparition de cette caractéristique. En effet, un site similaire a été identifié dans un coronavirus étroitement apparenté, ce qui soutient les auteurs dans leur affirmation que les composants du CoV-2 du SRAS pourraient tous avoir émergé de processus naturels.

Les analyses montrent qu’il est très peu probable que le CoV-2 du SRAS ait été fabriqué ou manipulé en laboratoire, déclare Kristian Andersen, virologue à Scripps Research à La Jolla, en Californie, et auteur principal de l’article. « Nous avons beaucoup de données qui montrent que c’est naturel, mais aucune donnée, ou preuve, pour montrer qu’il y a un lien avec un laboratoire », dit-il.

Mais plusieurs scientifiques affirment que, bien qu’ils ne croient pas que le virus se soit échappé du laboratoire, les analyses sont limitées dans ce qu’elles peuvent révéler sur son origine. Il est peu probable qu’il y ait un signe caractéristique indiquant qu’un génome a été manipulé, déclare dans Nature Jack Nunberg, un virologiste de l’Université du Montana à Missoula, qui ne croit pas que le virus provienne d’un laboratoire. Si, par exemple, les scientifiques avaient ajouté des instructions pour un site de clivage de la furine dans le génome du virus, « il n’y a aucun moyen de savoir si l’homme ou la nature a inséré le site », dit-il.

En fin de compte, il sera très difficile, voire impossible, de prouver ou d’infirmer l’une ou l’autre des théories sur l’origine du coronavirus. Le mystère promet de demeurer entier pendant encore longtemps. 

Source : Nature doi: 10.1038/d41586-020-01541-z