Le COVID-19 n’est plus considéré comme une urgence sanitaire mondiale par l’Organisation mondiale de la santé, mais les scientifiques s’efforcent toujours de mieux comprendre le virus et son impact, notamment la manière dont le coronavirus affecte l’organisme et entraîne la mort. Une nouvelle étude révèle qu’un pourcentage élevé de personnes ayant eu besoin d’une ventilation artificielle en raison d’une infection par le COVID-19 ont également développé une pneumonie bactérienne secondaire causée par cette assistance respiratoire. Cette maladie nosocomiale aurait proportionnellement causé plus de décès que le COVID lui-même.
Bien que le COVID-19 ait pu conduire des millions de patients à l’hôpital, c’est en fait une infection provoquée par l’utilisation d’un ventilateur mécanique qui serait plus susceptible d’être la cause du décès. « Notre étude souligne l’importance de la prévention, de la recherche et du traitement agressif de la pneumonie bactérienne secondaire, y compris ceux atteints de COVID-19 », déclare Benjamin Singer, pneumologue à l’université Northwestern dans l’Illinois.
L’équipe de recherche, qui vient de publier ses travaux dans la revue médiale Journal of Clinical Investigation, a examiné les dossiers de 585 personnes admises dans l’unité de soins intensifs du Northwestern Memorial Hospital, également dans l’Illinois. Toutes ces personnes souffraient d’une pneumonie grave et/ou d’une insuffisance respiratoire, et 190 d’entre elles étaient atteintes du COVID-19.
En utilisant une IA fondée sur l’apprentissage automatique pour analyser les données, les chercheurs ont regroupé les patients en fonction de leur état et de la durée de leur séjour en soins intensifs. Les résultats réfutent l’idée qu’une tempête de cytokines consécutive au COVID-19 – une réaction inflammatoire massive entraînant la défaillance d’un organe – était responsable d’un nombre important de décès. Aucun signe de défaillance de plusieurs organes n’a été observé chez les patients étudiés.
Mort de pneumonie
Au lieu de cela, les patients COVID-19 étaient plus susceptibles de développer une pneumonie associée à la ventilation artificielle soumise pendant de longues périodes. Les cas où la ventilation n’a pas répondu au traitement ont été significatifs en termes de taux de mortalité global dans l’étude. « Les patients guéris de leur pneumonie secondaire avaient de bonnes chances de vivre, tandis que ceux dont la pneumonie ne s’était pas résorbée étaient plus susceptibles de mourir », explique le Dr Singer.
« Nos données suggèrent que la mortalité liée au virus lui-même est relativement faible, mais que d’autres événements survenant pendant le séjour en unité de soins intensifs, comme la pneumonie bactérienne secondaire associée à la ventilation, la compensent. Ces résultats suggèrent que les résultats des soins intensifs pourraient être améliorés s’il existait de meilleures stratégies pour diagnostiquer et traiter les épisodes de ventilation – une question qui, selon les chercheurs, doit être abordée à l’avenir.
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Comme l’écrivent les auteurs dans leur article, « la durée de séjour relativement longue des patients atteints de COVID-19 est principalement due à une insuffisance respiratoire prolongée, ce qui les expose à un risque plus élevé durant la ventilation artificielle ».
Une maladie nosocomiale ?
Or les médecins savent depuis longtemps que l’intubation endotrachéale est le principal facteur de risque de pneumonie sous ventilation assistée. Ce cas est un sous-ensemble des pneumonies nosocomiales ; la pneumonie sous ventilation assistée implique souvent des agents pathogènes plus résistants et des résultats moins bons que les autres formes de pneumonie nosocomiale. Le manuel MSD destiné aux professionnels de santé décrit précisément comment l’intubation endotrachéale affaiblit les défenses des voies respiratoires, altère la toux et la clairance mucociliaire et favorise la micro-inhalation des sécrétions chargées en bactéries qui s’accumulent au-dessus de la partie gonflée de la sonde endotrachéale. En outre, les bactéries forment un film biologique sur et dans la sonde endotrachéale qui les protège des antibiotiques et des défenses de l’hôte. Le risque de la pneumonie sous ventilateur est au plus haut pendant les 10 premiers jours après l’intubation. Une pneumonie sous ventilation assistée est observée chez 9 à 27% des patients sous ventilation mécanique.
Pourtant, ce risque est passé sous les radars pendant la pandémie de COVID-19. « L’importance de la surinfection bactérienne des poumons comme facteur de décès chez les patients atteints de COVID-19 a été sous-estimée, car la plupart des centres ne l’ont pas recherchée ou ne considèrent les résultats qu’en termes de présence ou d’absence de surinfection bactérienne, et non en fonction de la réussite ou de l’échec du traitement », a déclaré le co-auteur de l’étude, le docteur Richard Wunderink, qui dirige le Successful Clinical Response in Pneumonia Therapy Systems Biology Center (Centre de biologie des systèmes pour une réponse clinique réussie dans la thérapie de la pneumonie) à Northwestern.
Ces résultats soulignent la nécessité de poursuivre les études et de redoubler de prudence lorsque l’on émet des hypothèses sur la cause du décès dans les cas de COVID-19. Une analyse moléculaire détaillée réalisée dans le cadre de la même étude devrait permettre d’en savoir plus sur ce qui fait la différence entre les performances de guérison ou non en relation avec la ventilation artificielle.
L’intérêt de l’IA
Il s’agit également d’un autre exemple de la façon dont l’apprentissage automatique et l’intelligence artificielle peuvent traiter de vastes quantités de données et repérer des schémas qui échappent aux simples humains, qu’il s’agisse d’analyser des protéines ou de faire progresser les mathématiques. « L’application de l’apprentissage automatique et de l’intelligence artificielle aux données cliniques peut être utilisée pour développer de meilleurs moyens de traiter des maladies comme le COVID-19 et pour aider les médecins des unités de soins intensifs à gérer ces patients », explique Catherine Gao, également pneumologue à Northwestern.
La prochaine étape de la recherche consistera à utiliser les données moléculaires des échantillons de l’étude et à les intégrer à des approches d’apprentissage automatique pour comprendre pourquoi certains patients guérissent de la pneumonie et d’autres non. Les chercheurs souhaitent également étendre la technique à des ensembles de données plus importants et utiliser le modèle pour faire des prédictions qui pourront être appliquées au chevet des patients afin d’améliorer les soins prodigués aux patients gravement malades.
La recherche a été publiée dans le Journal of Clinical Investigation.
Cette étude est intéressante, mais je ne suis pas d’accord avec votre conclusion, ni l’angle de votre article. On ne meurt effectivement pas directement du Covid, mais d’insuffisance respiratoire. La mise sous respirateur est la dernière des solutions thérapeutiques. Les équipes soignantes connaissent parfaitement les inconvénients de la mise sous respirateur (et de ses complications avec risque de pneumonie bactérienne). C’est la même chose que pour le VIH, on mourrait des conséquences du virus (souvent des pneumonies au passage). Et les différentes maladies nosocomiales (staphylocoque dorée and Ko) sont un des vrais problèmes de l’Hôpital, connus et suivis. [de la… Lire la suite »