Cet article a été publié à l’origine dans The Nation et est republié ici dans le cadre de Covering Climate Now, une collaboration journalistique mondiale visant à renforcer la couverture de la crise climatique dont UP’ Magazine est membre.
Cela aurait pu être un pangolin. Ou une chauve-souris. Ou, comme le suggère une théorie maintenant démystifiée qui a fait le tour du web, un serpent. La course pour identifier la source animale de COVID-19, le coronavirus qui piège actuellement plus de 150 millions de personnes dans des quarantaines et des cordons sanitaires en Chine et ailleurs, est en cours. L’origine animale du virus est un mystère crucial à résoudre. Mais les spéculations sur la créature sauvage qui a hébergé le virus à l’origine masquent une source plus fondamentale de notre vulnérabilité croissante aux pandémies : l’accélération du rythme de la perte de leur habitat.
Depuis 1940, des centaines d’agents pathogènes microbiens ont soit émergé, soit réémergé dans de nouveaux territoires où ils n’avaient jamais été vus auparavant. Il s’agit notamment du VIH, du virus Ebola en Afrique de l’Ouest, du virus Zika en Amérique et d’une série de nouveaux coronavirus. La majorité d’entre eux – 60 % – proviennent de l’organisme des animaux. Certains proviennent d’animaux de compagnie et de bétail. La plupart d’entre eux – plus des deux tiers – proviennent d’animaux sauvages.
Des microbes animaux bénins transformés en pathogènes humains mortels.
Mais les animaux sauvages ne sont pas les vrais coupables. Bien qu’une multitude de publications dans les médias présentent les animaux sauvages comme « source » d’épidémies mortelles ceux-ci ne sont, en vérité, pas particulièrement infestés par des agents pathogènes mortels, prêts à nous infecter. En fait, la plupart de ces microbes vivent de manière inoffensive dans le corps de ces animaux.
Le vrai problème est la façon dont la déforestation et l’expansion des villes et des activités industrielles créent des voies d’adaptation des microbes animaux au corps humain.
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La destruction des habitats menace d’extinction un grand nombre d’espèces sauvages, y compris les plantes médicinales et les animaux dont nous avons toujours dépendu pour notre pharmacopée. Elle oblige également les espèces sauvages qui s’accrochent, à s’entasser dans des fragments plus petits de l’habitat restant, ce qui augmente la probabilité qu’elles entrent en contact intime et répété avec les établissements humains qui s’étendent dans leurs habitats nouvellement fragmentés. C’est ce genre de contact répété et intime qui permet aux microbes qui vivent dans leur corps de passer dans le nôtre, transformant des microbes animaux bénins en pathogènes humains mortels.
Prenons l’exemple d’Ebola. Selon une étude de 2017, les épidémies d’Ebola, qui ont été liées à plusieurs espèces de chauves-souris, sont plus susceptibles de se produire dans des endroits d’Afrique centrale et occidentale qui ont connu des épisodes récents de déforestation. La coupe des forêts des chauves-souris les oblige à se réfugier dans les arbres des arrière-cours et des fermes, ce qui augmente la probabilité qu’un humain puisse, par exemple, prendre une bouchée d’un fruit couvert de salive de chauve-souris ou chasser et abattre une chauve-souris locale, s’exposant ainsi aux microbes qui s’abritent dans les tissus de l’animal. De telles rencontres permettent à une multitude de virus transportés de manière inoffensive par les chauves-souris – Ebola, Nipah et Marburg, pour n’en citer que quelques-uns – de se glisser dans les populations humaines. Lorsque ces événements dits « de contagion » se produisent assez fréquemment, les microbes animaux peuvent s’adapter à notre corps et évoluer en pathogènes humains.
Déforestation et perte de l’habitat sauvage
Les épidémies de maladies transmises par les moustiques ont été liées de la même manière à l’abattage des forêts, bien que moins à cause de la perte de leur habitat qu’à sa transformation. En effet, à mesure que la litière de feuilles et les racines des arbres disparaissent, l’eau et les sédiments s’écoulent plus facilement le long du sol forestier rasé, nouvellement ouvert aux rayons du soleil. Les moustiques porteurs du paludisme se reproduisent dans les flaques d’eau ensoleillées. Une étude menée dans une douzaine de pays a révélé que les espèces de moustiques porteurs d’agents pathogènes pour l’homme sont deux fois plus fréquentes dans les zones déboisées que dans les forêts intactes.
La destruction des habitats brouille également la taille des populations des différentes espèces de manière à augmenter la probabilité qu’un agent pathogène se propage. Le virus du Nil occidental, un virus d’oiseaux migrateurs, en est un exemple. Pressées par la perte d’habitat ainsi que par d’autres agressions, les populations d’oiseaux ont diminué de plus de 25 % au cours des 50 dernières années.
Mais les espèces ne déclinent pas à un rythme uniforme. Les espèces d’oiseaux spécialisées, comme les pics et les râles, ont été plus durement touchées que les généralistes comme les rouges-gorges et les corbeaux. Cela augmente l’abondance du virus du Nil occidental dans nos volées d’oiseaux domestiques car, si les piverts sont de mauvais porteurs du virus, les rouges-gorges et les corbeaux y excellent. La probabilité qu’un moustique local pique un oiseau infecté par le virus du Nil occidental, puis un humain, ne peut manquer de se multiplier.
Des espèces sauvages qui ne se rencontreraient que rarement —voire jamais— dans la nature, sont mises en cage les unes à côté des autres, ce qui permet aux microbes de passer d’une espèce à l’autre.Ce n’est pas seulement la destruction de l’habitat qui augmente le risque d’apparition de maladies, c’est aussi ce par quoi nous remplaçons l’habitat sauvage. Pour satisfaire les appétits carnivores de notre espèce, nous avons rasé une zone de la taille du continent africain pour y élever des animaux destinés à l’abattage. Certains de ces animaux sont ensuite livrés par le biais du commerce illicite d’animaux sauvages ou vendus au marché noir. Là, des espèces sauvages qui ne se rencontreraient que rarement —voire jamais— dans la nature, sont mises en cage les unes à côté des autres, ce qui permet aux microbes de passer d’une espèce à l’autre, un processus qui a engendré le coronavirus causant l’épidémie de SRAS de 2002-2003 et peut-être le nouveau coronavirus qui nous traque aujourd’hui.
Élevage intensif et promiscuité
Mais beaucoup d’autres sont élevés dans des fermes industrielles, où des centaines de milliers d’individus attendent d’être abattus, entassés les uns à côté des autres, offrant aux microbes de luxuriantes possibilités de se transformer en agents pathogènes mortels. Les virus de la grippe aviaire, par exemple, qui proviennent des corps des oiseaux aquatiques sauvages, se déchaînent dans les fermes industrielles où sont entassés des poulets en captivité, mutant et devenant plus virulents, un processus si fiable qu’il peut être reproduit en laboratoire. Une souche appelée H5N1, qui peut infecter les humains, tue plus de la moitié des personnes infectées. Le confinement d’une autre souche, qui a atteint l’Amérique du Nord en 2014, a nécessité l’abattage de dizaines de millions de volailles.
L’avalanche d’excréments produits par notre bétail offre aux microbes animaux de nouvelles possibilités de se répandre dans les populations humaines. Les déchets animaux étant beaucoup plus volumineux que ce que les terres cultivées peuvent absorber comme engrais, ils sont collectés en de nombreux endroits dans des bassins à fumier de fortune. Escherichia coli producteur de toxines Shiga, qui vit de manière inoffensive dans les intestins de plus de la moitié du bétail des parcs d’engraissement américains, se cache dans ces déchets. Chez l’homme, cette bactérie provoque des diarrhées hémorragiques, de la fièvre et peut entraîner une insuffisance rénale aiguë. Les déchets du bétail se répandant si fréquemment dans nos aliments et notre eau, des dizaines de milliers de personnes sont infectées chaque année.
Les cadeaux mortels de nos amis les animaux
Ce processus de transformation des microbes animaux en agents pathogènes pour l’homme est aujourd’hui accéléré, mais il n’est pas nouveau. Il a commencé avec la révolution néolithique, lorsque nous avons d’abord défriché l’habitat de la faune sauvage pour faire place aux cultures et mis les animaux sauvages sous notre joug. Les « cadeaux mortels » que nous avons reçus de nos « amis les animaux », comme l’a dit Jared Diamond, comprennent la rougeole et la tuberculose, chez les vaches ; la coqueluche, chez les porcs ; et la grippe, chez les canards. Elle s’est poursuivie pendant l’ère de l’expansion coloniale. Les colons belges au Congo ont construit les chemins de fer et les villes qui ont permis à un lentivirus présent chez les macaques locaux de perfectionner ses adaptations au corps humain ; les colons britanniques au Bangladesh ont abattu les zones humides des Sundarbans pour y construire des rizières, exposant ainsi les humains aux bactéries présentes dans les eaux saumâtres des zones humides.
Les pandémies créées par ces intrusions de l’époque coloniale nous tourmentent encore aujourd’hui. Le lentivirus du macaque s’est transformé en VIH. La bactérie aquatique des Sundarbans, aujourd’hui connue sous le nom de choléra, a provoqué sept pandémies jusqu’à présent, la dernière en date s’est produite en Haïti.
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La bonne nouvelle est que, comme nous ne sommes pas des victimes passives des microbes animaux qui envahissent notre corps, mais des agents pleinement habilités qui transforment des microbes animaux inoffensifs en agents pathogènes responsables de pandémies, nous pouvons faire beaucoup pour réduire le risque que ces microbes pathogènes n’apparaissent pas du tout.
Nous pouvons protéger l’habitat des animaux sauvages, afin que les microbes animaux restent dans leur corps et ne se propagent pas dans le nôtre, une approche défendue notamment par le mouvement « One Health« .
Les épidémies sont inévitables, mais les pandémies sont facultatives Nous pouvons mener une surveillance active dans les endroits où les microbes animaux sont le plus susceptibles de se transformer en agents pathogènes pour l’homme, en recherchant ceux qui montrent des signes d’adaptation au corps humain et en les étouffant avant qu’ils ne provoquent des épidémies. C’est exactement ce que les scientifiques financés par le programme Predict de l’USAID ont fait au cours des dix dernières années. Alors que l’empreinte humaine a continué à s’étendre sur la planète, les scientifiques du programme Predict ont identifié plus de 900 nouveaux virus dans le monde entier qui ont émergé en conséquence, y compris de nouvelles souches de coronavirus semblables au SRAS.
L’épidémiologiste Larry Brilliant a dit un jour : « Les épidémies sont inévitables, mais les pandémies sont facultatives ». Toutefois, les pandémies ne resteront facultatives que si nous avons la volonté de perturber notre politique aussi facilement que nous perturbons la nature et la vie sauvage. En fin de compte, il n’y a pas de véritable mystère quant à la source animale des pandémies. Il ne s’agit pas d’un pangolin à écailles pointues ou d’une chauve-souris volante à fourrure. Il s’agit de populations de primates à sang chaud : la véritable source animale, c’est nous.
Sonia Shah est journaliste scientifique et l’auteur de Pandemic : Tracking Contagion from Cholera to Ebola and Beyond (Farrar, Straus & Giroux, 2016). Son cinquième livre, The Next Great Migration : The Beauty and Terror of Life on the Move, sera publié en juin.
