Les 10 énigmes du coronavirus

Depuis son apparition, le coronavirus responsable du Covid-19 fait l’objet d’une avalanche d’études et de recherches scientifiques. Plus de 50 000 articles sont déjà parus dans les revues médicales en quatre mois à peine. Souvenons-nous qu’en décembre dernier nous ne connaissions même pas le nom de celui qui est devenu l’objet de préoccupation de tous les habitants de notre planète. Des bataillons entiers de scientifiques, chercheurs et médecins de tous les pays sont totalement tendus sur ce sujet : pour le séquençage du génome du virus, pour trouver un vaccin, un traitement, pour comprendre sa dynamique, sa contagiosité, les dégâts physiologiques qu’il cause aux malades, etc.

Les gouvernants du monde entier s’appuient sur ces scientifiques pour mettre en œuvre des mesures de protection, pour ordonner des confinements et des déconfinements. Pourtant l’impression d’une valse-hésitation demeure.  Car les incertitudes persistent et ce satané coronavirus nous pose des questions, souvent fondamentales, devant lesquelles les scientifiques butent encore.

D’où vient-il ?

C’est la première énigme. Elle n’intéresse pas seulement les historiens qui voudront retracer les origines de ce qui a bouleversé le monde en ces quelques semaines du début de l’année 2020. Elle intéresse au plus haut point les épidémiologistes qui veulent savoir pour éviter que cela ne se reproduise. On sait qu’il est né en Chine, et que son génome ressemble étrangement à celui des coronavirus qui ont l’habitude d’infecter les populations de chauves-souris. Pour les amateurs de signes étranges, notons que l’anagramme exacte de « chauve-souris » est « souche-à-virus »*. Les coronavirus aiment bien ces gentils mammifères et les colonisent sans grand dommage car ces bestioles ont développé, au fil de l’évolution, des défenses immunitaires adaptées.

La grande question est comment le virus a-t-il pu sauter d’une espèce à l’autre, de la chauve-souris à l’humain ? On soupçonne un hôte intermédiaire. Dès le début, on a suspecté le pangolin comme candidat idéal à ce titre d’intermédiaire. Mais l’hypothèse tend à être abandonnée. Aujourd’hui, on n’est sûr de rien. On ne sait pas si le virus a sauté de la chauve-souris à l’homme, s’il a muté pour le faire, s’il a utilisé un autre vecteur. Autant de questions qu’il faudra résoudre si l’on veut éviter de nouvelles pandémies dues à notre empiètement grandissant sur la nature sauvage.

Comment se transmet-il ?

C’est la question du siècle. Et à l’heure où ces lignes sont écrites, et contrairement à ce que pourraient laisser croire toutes les mesures de confinement ou de gestes barrières mises en place partout dans le monde, on ne sait pas grand-chose. Plus de deux millions de personnes —au moins— sont officiellement contaminées dans le monde. Comment l’ont-elles été ? Les spécialistes pensent que ce type de virus provoquant des affections respiratoires se transmet par la toux, les éternuements, à travers une multitude de gouttelettes projetées par un hôte contaminé. Tout le monde a appris que ce sont les postillons qui transmettent le virus. Mais on ne sait pas grand-chose de la transmission par les fomites. Ce sont les surfaces susceptibles d’être contaminées. Plusieurs études sont parues mesurant la durée de vie du virus sur du carton, du plastique ou du métal. En réalité, rien n’est sûr, et notamment la durée de la capacité de nuire d’un virus sur une surface.

On se demande aussi si les aérosols ne joueraient pas un rôle éminent dans la transmission. Il s’agit de nuages de gouttelettes invisibles projetées dans l’air par un individu porteur du coronavirus. Des scientifiques finlandais ont établi que ces nuages peuvent rester en suspension dans l’air pendant plusieurs minutes. On trouverait là un milieu de forte contamination, favorisé dans les lieux confinés, avec plusieurs personnes, mal aérés.

Bien comprendre comment le virus se transmet est fondamental pour définir des recommandations et des modes de conduite vraiment efficaces. Pour l’instant, la question reste en suspens.

Quel est son taux réel de mortalité ?

Cela paraît incroyable, mais on ne connaît pas, loin s’en faut, le taux exact de mortalité du coronavirus. Le 28 mars dernier, l’Organisation mondiale de la santé (OMS) établissait le taux de létalité à 4.6 %. Ce chiffre est calculé en divisant le nombre de morts par le nombre de cas confirmés. Mais en réalité, on n’en sait rien. Car pour que ce taux soit juste, il faudrait connaître précisément le nombre de personnes infectées, malades ou porteurs asymptomatiques. Sans compter ceux qui ne sont pas déclarés ; ce qui est le cas de nombreux pays en développement.

La seule donnée qui soit juste est celle du nombre de morts. Il est donc relativement aisé de le comparer à celui d’autres périodes antérieures. L’Italie vient de faire ce décompte et observe que le nombre de décès pendant la période épidémique est deux fois supérieur à celui des décès de la même période l’année d’avant.

En France des données ont été publiées le 10 avril par l’INSEE ; elles établissent qu’entre le 1er et le 30 mars 2020, 57 441 personnes sont décédées en France. C’est davantage que sur la même période en 2019 (52 011) mais c’est moins qu’en 2018 (58 641), année où la grippe saisonnière avait été particulièrement longue. Ces chiffres correspondent à une vision globale de la situation du pays. Si on zoome sur les régions les plus touchées par le Covid-19 comme le Grand Est ou l’Ile-de-France, on observe une mortalité supérieure en mars 2020 par rapport à mars 2018 – respectivement +17% et + 22%.

Pour avoir des chiffres précis permettant de calculer la dangerosité du virus et de la comparer à celle d’autres maladies, il faudra vraisemblablement attendre la fin de l’épidémie.

Pourquoi peut-il être à la fois anodin et très grave ?

Les médecins qui accueillent les malades du Covid-19 sont très décontenancés. En effet, ils observent à la fois des cas gravissimes et des cas très anodins, avec des symptômes à peine plus méchants que ceux d’un rhume saisonnier. Dans certains cas, les patients sont porteurs du virus mais n’ont strictement aucun symptôme. En revanche, nous avons vu ces images terribles de patients emmenés sur des brancards, mis sous respirateurs artificiels et mourant de tempête infectieuse fulgurante.

Dès le début de l’épidémie, les statistiques ont montré que les cas très graves, pouvant entraîner la mort, étaient réservés aux personnes âgées ou souffrant de comorbidité. Mais au fil des jours, on a vu des personnes plus jeunes décéder. Ou d’autres, semblant se rétablir mais succombant soudain à un « orage de cytokines », c’est-à-dire une surinflammation causée par un emballement des défenses immunitaires du patient. Des molécules impliquées dans le contrôle de l’immunité provoqueraient alors des conséquences catastrophiques : baisse de la pression artérielle, œdèmes respiratoires, complications rénales, pouvant entraîner la mort.

Pourquoi le virus tue-t-il aussi violemment des personnes jeunes et apparemment en bonne santé et ne produit aucun effet sur d’autres ?  On ne le sait pas. C’est un mystère pour les médecins qui avancent toutefois une hypothèse : ce n’est pas le virus qui tue mais les défenses du patient qui se retournent contre lui par excès d’activité. Une hypothèse qui ne répond pas encore à la question.

Quels médicaments faut-il prescrire ?

C’est le grand drame de cette épidémie. Les médecins ne savent pas quel médicament prescrire. Ils se contentent donc de soigner les symptômes — le paracétamol est le grand standard — pour apaiser les malades, mais ils ne savent comment traiter Covid-19. Pourtant, la bataille fait rage dans les laboratoires pour sortir au plus vite un médicament. Plusieurs candidats sont en lice, et certains mêmes comme l’hydroxychloroquine ont acquis en quelques jours une notoriété mondiale jamais vue pour un médicament. Le problème est que ces médicaments n’ont jamais fait la preuve de leur efficacité sur ce coronavirus et de leur absence d’effets indésirables. Pour cela, il faut mener des tests cliniques suivant des protocoles précis et normalisés. Cela prend du temps et certains, comme le désormais fameux Professeur Raoult, voudraient accélérer le tempo et prescrire au plus vite son médicament.

Mais les autorités de santé, tout comme l’ensemble de la communauté médicale, tiennent à conserver une démarche « scientifique ». Cela pose des débats infinis, des tribunes, des pétitions, des batailles rangées dans les réseaux sociaux. En attendant, les médecins ne savent à quel saint se vouer et les malades se battent pour rester en vie.

L’enjeu des médicaments dépasse leur sphère médicale. Car tant qu’un médicament ayant prouvé son efficacité n’est pas disponible et mis sur le marché, les dirigeants politiques sont contraints de tenir des mesures de confinement ou de déconfinement incertaines, discordantes entre pays, catastrophiques pour l’activité économique globale et la santé mentale de tous ceux qui subissent ces hésitations.

Quelle est la durée de l’immunité ?

C’est l’une des autres grandes énigmes de ce coronavirus. Quand une personne a contracté la maladie, même asymptomatique, est-elle bien immunisée et si oui, pendant combien de temps ? La réponse à cette question impacte toutes les mesures de santé publique actuelles. Les scientifiques n’ont à ce sujet aucune réponse définitive. Certes, plusieurs études ont été menées, observant notamment les épidémies antérieures de SRAS et de MERS qui sont aussi des coronavirus. Mais les résultats sont insuffisants pour être appliquées au Covid-19 car les réponses immunitaires peuvent être très variables d’un virus à l’autre.

Les Chinois ont mené une recherche sur des macaques porteurs du virus et ont observé qu’ils produisaient des anticorps leur permettant de résister à une nouvelle infection. Ces résultats accréditent la thèse de l’immunité acquise mais ils ne répondent pas à des questions essentielles : quelle est la durée de cette immunité ? Est-elle variable selon les individus ? Peut-on être recontaminé ?

L’épidémie de Covid-19 étant apparue très récemment et encore en cours, les médecins n’ont pas assez de recul pour répondre à ces questions. Sur celle de la recontamination, le gouvernement français se veut rassurant sur son site en affirmant qu’il n’y a aucun cas de recontamination. Or les coréens ont observé plusieurs cas de réactivation du virus chez des personnes qui avaient été détectées comme positives et mises en quarantaine. Certains épidémiologistes pensent même que le virus pourrait rester latent dans certaines cellules puis se réactiver à certaines occasions comme une infection respiratoire.

Ce ne sont que des hypothèses, et le grand mystère tient dans la nature même de ce coronavirus. Cette espèce d’organismes coévolue avec le système immunitaire humain depuis des milliers d’années ; ils s’adaptent à leurs hôtes pour parvenir à manipuler leurs défenses immunitaires. Le coronavirus actuel fera-t-il de même ? On n’en sait rien.  La seule façon de contourner cette énigme serait de disposer d’un vaccin efficace. Mais il n’est pas prévu avant de longs mois.

Quel rôle joue-t-il sur les enfants ?

S’il est une certitude, c’est bien celle-là : les enfants sont, dans leur immense majorité, bien moins gravement affectés par le Covid-19 que les autres catégories de la population. Les chiffres de la morbidité et encore plus de la létalité sont à cet égard très clairs : la plupart des enfants ne sont pas malades du Covid-19.  Les enfants de moins de 15 ans représentent moins de 1% des admissions en réanimation au 15 avril en France et aucun enfant de moins de 15 ans n’est décédé du COVID. Mais cette caractéristique pourrait cacher un taux d’infection beaucoup plus important. Des travaux ont suggéré que les enfants pourraient être autant contaminés que les adultes.

En revanche, les scientifiques ont de gros doutes sur le rôle que jouent les enfants dans la propagation de l’épidémie. On soupçonne qu’ils soient des porteurs sains, c’est-à-dire qu’ils portent le virus mais ne développent pas la maladie. Ils seraient alors des super-propagateurs du virus pour certains scientifiques alors que d’autres pensent qu’ils ne propagent pas la maladie comme le font les adultes.

Les experts n’ont aucune certitude sur le niveau de propagation du coronavirus par les enfants ni sur le potentiel infectieux des individus asymptomatiques.  Les réponses à cette question sont toujours assorties d’un conditionnel très précautionneux.

Il n’en demeure pas moins que, par précaution, les crèches et les écoles ont été fermées dès les premières mesures de confinement. Elles seront ouvertes en premier dès les premières heures du déconfinement, le 11 mai prochain en France. Cette décision inquiète grandement les parents et fait débat dans la communauté scientifique car rien n’établit clairement le degré de contagiosité des enfants ni les risques qu’ils portent entre enfants ou par rapport aux adultes.

A-t-il déjà muté ?

Le monde entier attend un vaccin pour le début de l’année 2021. Mais si le virus a entretemps muté, ce vaccin ne servira à rien. La question de la mutation du coronavirus est donc des plus importantes. Et pourtant, les scientifiques ne savent pas grand-chose sur ce sujet.

Les mutations sont des processus naturels et aléatoires ; les coronavirus comme celui de la grippe saisonnière mutent beaucoup. C’est la raison pour laquelle on doit se faire revacciner chaque année, car le virus a changé.

Les modalités précises de la mutation du coronavirus actuel sont inconnues et devront être explorées sur des plateformes de surveillance dédiées comme Nextstrain. Toutefois, au stade actuel, il apparaît aux généticiens que le coronavirus mute très lentement. Son taux de mutation serait de 25 mutations par an, soit deux fois moins que celui du virus responsable de la grippe saisonnière.

D’ores et déjà, on sait que deux formes de ce coronavirus circulent en ce moment : la souche L, la plus fréquente puisqu’elle représente 70 % des cas et la forme S, beaucoup moins agressive. Il est inévitable que le virus mute, même lentement. Ce que l’on ne sait pas, c’est s’il mutera vers une forme plus agressive ou une forme plus douce. L’avenir seul nous le dira.

Touche-t-il aussi le cerveau ?

Le coronavirus provoque des affections pulmonaires dont certaines sont sévères voire létales. Mais il ne touche pas seulement les voies respiratoires. En effet, dès le mois de février, des scientifiques chinois ont détecté des affections du système nerveux central. Les symptômes les plus courants qu’ils ont observés étaient des douleurs musculaires, des maux de tête, des vertiges ou de la confusion – qui ont tendance à se manifester lors de toute infection virale, en particulier chez les personnes âgées. Quelques patients ont présenté des syndromes neurologiques plus distincts, notamment des accidents vasculaires cérébraux, des convulsions prolongées et une disparition de l’odorat.

Mais début avril, des scientifiques japonais publient le cas d’un patient sur lequel on n’avait trouvé aucune trace du virus ni dans son sang, ni dans ses poumons. En revanche, en faisant une analyse de son liquide céphalo-rachidien, ils découvrent la présence du virus.  Celui-ci aurait donc transpercé la barrière hémato-encéphalique pour s’attaquer aux neurones.

Ces cas sont heureusement isolés et marginaux mais les médecins sont devant l’inconnu. Ils ne sont pas en mesure de procéder massivement à des tests sur le liquide céphalo-rachidien et ne savent pas comment le virus a pu s’installer dans le cerveau. Malgré le bilan humain dévastateur du Covid-19, peu d’autopsies sont pratiquées laissant les scientifiques face à une énigme de taille : celle d’une possible invasion virale du cerveau.

La chaleur de l’été va-t-elle l’arrêter ?

Tout le monde a pu l’observer, les virus provoquant des affections respiratoires sont saisonniers. La grippe s’attrape en hiver et pas au beau milieu du mois d’août. Ce qui apparaît comme une évidence se teinte de nuances quand on l’observe en dehors de notre périmètre hexagonal. En effet, les épidémiologistes soulignent que ces virus respiratoires circulent toute l’année dans les zones tropicales par exemple.

Dès lors, le mystère s’épaissit sur ce qui pourrait advenir de notre coronavirus actuel. Rien ne dit qu’il s’arrêtera dès les premiers beaux jours venus. Rien ne dit non plus le contraire.

Ce que craignent les virologues c’est le caractère émergent de ce coronavirus. Celui-ci étant nouveau, la population est parfaitement vierge par rapport à lui, sans aucune défense immunitaire. Dans ce cas, l’impact de la température extérieure est ni démontrable ni démontré.

On n’en sait rien, et la seule chose que nous puissions faire est d’éviter d’attraper le virus et de le propager. Ce n’est qu’avec des mesures sanitaires que le virus pourrait être jugulé. Attendre l’été pour le voir disparaître est, pour l’instant, un vœu pieux.

Depuis quelques temps, à force de crises climatiques, financières, existentielles, les dangers du monde nous avaient appris, comme dans une cure de mithridatisation, que nous étions entrés dans l’âge de l’incertitude. Ce changement progressif de la vision du monde et de ses risques a conduit chaque individu aussi bien que chaque État à privilégier la réaction plutôt que l’action. C’est la raison pour laquelle certains s’impatientent autant devant l’absence de mesures énergiques prises pour combattre le réchauffement climatique. Il semble que nous attendions que la catastrophe nous impacte de plein fouet pour que nous réagissions enfin.

La crise du coronavirus nous révèle une facette supplémentaire de cette ère de l’incertitude. Elle met dans la lumière du jour les limites de nos connaissances, la force brutale de la nature et le temps long qu’il faut pour faire science. Il faut admettre que nous ne savons pas ; alors que tout portait à croire que nous étions surpuissants, assis sur le trône des dieux. Nous sommes capables d’aller sur Mars mais nous ne savons presque rien d’un malheureux virus.  Cette pandémie nous rappelle nos limites et nous remet à notre place. Nous ne savons pas. Il faut attendre. Ça viendra. Autant d’injonctions que nous supportons mal, tant nous étions habitués à la réponse à tout, en un clic, en temps réel. Le coronavirus nous rappelle qu’il existe aussi un monde réel. Et que l’incertitude, l’inconnu, l’imprévisible en fait partie. Quand nous ne savons rien, quand nous ne savons pas avec certitude quoi faire, quand les connaissances nous manquent, notre seul point d’appui restent nos valeurs. Il faut l’accepter avec humilité et en faire une force. Nos valeurs, elles seules, sauront nous guider dans l’inconnu.

*Cette anagramme est de Jacques Perry-Salkow, auteur notamment de Anagrammes à quatre mains, Actes Sud 2018