L’apparition des variants du coronavirus —variant anglais, d’Afrique du sud, du Brésil… — se succède à un rythme soutenu depuis quelques jours, créant un grand trouble dans la communauté scientifique et les autorités de santé publique du monde entier. Certaines mutations plus contagieuses sont en passe de devenir majoritaires dans certains pays, remettant en question les certitudes sur l’immunité acquise et sur l’efficacité des vaccins actuels. Face au danger, la mobilisation des chercheurs semble totale.
Le variant P1 et l’énigme de Manaus
Lorsque le nombre de cas Covid-19 a recommencé à augmenter à Manaus, au Brésil, en décembre 2020, Nuno Faria a été stupéfait. Le virologue de l’Imperial College de Londres et professeur associé de l’université d’Oxford venait de cosigner un article dans Science estimant que les trois quarts des habitants de la ville avaient déjà été infectés par le SRAS – CoV-2, le coronavirus pandémique – ce qui était plus que suffisant, semblait-il, pour que l’immunité collective soit atteinte. Le virus aurait dû être éliminé de Manaus. Pourtant, les hôpitaux se remplissent à nouveau. « Il était difficile de concilier ces deux événements », confie Nuno Faria. Il a donc aussitôt commencé à chercher des échantillons qu’il pourrait séquencer pour savoir si des changements dans le virus pouvaient expliquer la résurgence.
Le 12 janvier, le professeur Faria et ses collègues ont publié leurs premières conclusions sur le site internet virological.org. Treize des 31 échantillons recueillis à la mi-décembre à Manaus se sont révélés appartenir à une nouvelle lignée virale qu’ils ont appelée P.1. Des recherches beaucoup plus approfondies sont nécessaires, mais il est possible, selon eux, que chez certaines personnes, le P.1 échappe à la réponse immunitaire humaine déclenchée par la lignée qui a ravagé la ville au début de l’année 2020.
Les nouveaux variants du coronavirus font la une des journaux depuis que les scientifiques ont tiré la sonnette d’alarme au sujet de B.1.1.7, un variant du CoV-2 du SRAS qui a attiré l’attention des chercheurs pour la première fois en Angleterre en décembre et qui est plus transmissible que les virus circulant auparavant. Mais maintenant, ils se concentrent également sur une nouvelle menace potentielle : des variants qui pourraient faire échouer la réponse immunitaire humaine. De telles « échappées immunitaires » pourraient signifier que davantage de personnes ayant eu le Covid-19 restent susceptibles d’être réinfectées et que les vaccins éprouvés pourraient, à un moment donné, avoir besoin d’une mise à jour.
Lors d’une réunion de l’Organisation mondiale de la santé (OMS) ce 12 janvier, des centaines de chercheurs ont discuté des questions scientifiques les plus importantes soulevées par la vague de nouvelles mutations. L’OMS a également réuni son comité d’urgence le 14 janvier pour discuter de l’impact des nouveaux variants et des restrictions de voyage que de nombreux pays imposent pour les contenir. Le comité a appelé à un effort mondial pour séquencer et partager davantage de génomes du SRAS-CoV-2 afin d’aider à suivre les mutations. Il a également demandé aux pays de soutenir « les efforts de recherche mondiaux pour mieux comprendre les inconnues critiques concernant les mutations et les variants spécifiques au SRAS-CoV-2 ».
La chasse aux variants est ouverte
Le variant le plus transmissible, B.1.1.7, se répand déjà rapidement au Royaume-Uni, en Irlande et au Danemark, et probablement dans de nombreux autres pays et notamment la France. On compte aujourd’hui 51 pays dans lesquels le variant anglais a été détecté. Les centres américains de contrôle et de prévention des maladies ont publié ce 15 janvier une étude de modélisation montrant que la souche pourrait devenir le variant prédominant aux États-Unis en mars. Mais les scientifiques sont tout aussi inquiets au sujet de 501Y.V2, un variant détecté en Afrique du Sud. Certaines des mutations qu’il porte, dont celles appelées E484K et K417N, modifient sa protéine de surface, le « spike », et ont montré en laboratoire qu’elles réduisent la capacité des anticorps monoclonaux à combattre le virus. Dans une prépublication publiée au début du mois, Jesse Bloom, un biologiste évolutionniste du Fred Hutchinson Cancer Research Center, a montré que l’E484K réduisait également de 10 fois la puissance des sérums de convalescence de certains donneurs – bien qu’il s’empresse d’ajouter que cela ne signifie pas nécessairement que la mutation entraînerait une baisse de l’immunité des personnes à la nouvelle souche.
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La souche P.1 ajoute aux préoccupations car elle semble avoir généré une constellation similaire de mutations et est apparue dans un endroit où le niveau d’immunité est élevé. « Chaque fois que vous voyez les mêmes mutations apparaître et commencer à se propager plusieurs fois, dans différentes souches virales à travers le monde, c’est une preuve vraiment solide que ces mutations ont acquis un certain avantage sur le plan de l’évolution », déclare le professeur Bloom.
Comme B.1.1.7, le variant identifié à Manaus est déjà en circulation. Au moment où le professeur Faria terminait son analyse des génomes brésiliens, un rapport a été publié sur un variant détecté chez des voyageurs arrivant au Japon en provenance du Brésil – et il s’est avéré qu’il s’agissait de la variante P.1.
Les mauvais amis
On ne sait pas encore très bien comment ces nouveaux variants affectent le cours de la pandémie. À Manaus, par exemple, le P.1 n’a peut-être rien à voir avec la nouvelle vague d’infections ; selon l’épidémiologiste Oliver Pybus, d’Oxford, l’immunité des gens pourrait tout simplement s’affaiblir avec le temps. Lors d’une conférence de presse, Mike Ryan, de l’OMS, a averti ce 15 janvier que les changements de comportement humain sont toujours le principal moteur de cette résurgence épidémique. « Il est trop facile de rejeter la faute sur les variants et de dire que c’est le virus qui l’a provoquée », a-t-il déclaré. « Malheureusement, c’est aussi ce que nous n’avons pas fait qui l’a fait ».
Même si le variant joue un rôle crucial, il pourrait être à l’origine de la poussée épidémique parce qu’il se transmet plus facilement, comme B.1.1.7, et non parce qu’il peut échapper à la réponse immunitaire. « Bien sûr, il pourrait aussi s’agir d’une combinaison de ces facteurs », explique Oliver Pybus. De même, dans une récente étude de modélisation, des chercheurs de la London School of Hygiene & Tropical Medicine ont calculé que le variante 501Y.V2 d’Afrique du Sud pourrait être 50% plus transmissible mais pas plus apte à échapper à l’immunité, ou tout aussi transmissible que les variants précédents mais capable d’échapper à l’immunité chez une personne sur cinq précédemment infectée. « La réalité se situe peut-être entre ces deux extrêmes », ont écrit les auteurs.
Des études en laboratoire sur les variants sont actuellement en cours. Le Royaume-Uni a lancé ce 15 janvier un nouveau consortium, G2P-UK (pour « genotype to phenotype-UK »), dirigé par Wendy Barclay de l’Imperial College de Londres, pour étudier les effets des mutations émergentes du SARS-CoV-2. Une idée discutée lors de la réunion de l’OMS du 12 janvier est de créer une biobanque qui aiderait les études en abritant des échantillons de virus, ainsi que du plasma provenant de receveurs de vaccins et de patients guéris.
Les interactions entre les nouvelles mutations pourraient rendre plus difficile l’identification de leurs effets. Les variants du Royaume-Uni, d’Afrique du Sud et de Manaus partagent tous une mutation appelée N501Y, ou Nelly, comme l’appellent certains chercheurs. Mais la mutation, qui affecte la protéine de pointe, se produit également dans certains variants qui ne se répandent pas plus rapidement, ce qui suggère que N501Y n’opère pas seul, explique Kristian Andersen de Scripps Research : « Nelly est peut-être innocente, sauf peut-être quand elle traîne avec de mauvais amis. »
Jesse Bloom estime qu’aucun des changements n’est susceptible de laisser le virus échapper entièrement à la réponse immunitaire. « Mais je m’attendrais à ce que ces virus aient un certain avantage lorsqu’une grande partie de la population est immunisée » – ce qui pourrait aider à expliquer la montée en puissance de Manaus.
Faut-il mettre à jour les vaccins ?
Jusqu’à présent, le virus ne semble pas être devenu résistant aux vaccins contre le Covid-19, affirme le vaccinologue Philip Krause, qui préside un groupe de travail de l’OMS sur les vaccins. « La mauvaise nouvelle est que l’évolution rapide de ces variants suggère que si le virus peut évoluer en un phénotype résistant au vaccin, cela pourrait se produire plus tôt que nous ne le souhaitons », ajoute-t-il. Cette possibilité ajoute à l’urgence de mettre en place une bonne surveillance pour détecter rapidement de telles mutations, déclare la biostatisticienne Natalie Dean de l’université de Floride. Mais elle insiste aussi sur l’urgence de vacciner les gens, dit Christian Drosten, virologue à l’hôpital universitaire de la Charité à Berlin. « Nous devons faire tout notre possible pour vacciner le plus grand nombre de personnes le plus rapidement possible, même si cela signifie courir le risque de ne cibler que certains variants », dit-il.
Si des souches de SRAS-CoV-2 résistantes au vaccin apparaissent, il faudra peut-être actualiser les vaccins. Plusieurs vaccins pourraient être facilement modifiés pour refléter les derniers changements, mais les autorités de réglementation pourraient hésiter à les autoriser sans disposer de données actualisées sur la sécurité et l’efficacité, explique le vaccinologue Philip Krause. Si de nouvelles variantes circulent aux côtés de souches plus anciennes, des vaccins multivalents, efficaces contre plusieurs lignées, pourraient même être nécessaires. « Pour être clair : ce sont des considérations en aval », tempère M. Krause. « Le public ne doit pas penser que cela est imminent, et que de nouveaux vaccins seront nécessaires ». Mais Ravindra Gupta, un chercheur de l’Université de Cambridge, estime que les fabricants devraient commencer à produire des vaccins conçus pour générer une immunité aux versions mutées de la protéine de pointe, car elles ne cessent d’apparaître. « Cela nous dit que nous devrions avoir ces mutations dans nos vaccins, afin de fermer l’une des voies de transmission du virus ».
Un « risque de basculer au bord de l’effondrement »
Pour l’instant, l’augmentation de la transmissibilité est la plus grande inquiétude, explique la virologiste Angela Rasmussen de l’université de Georgetown. « Je me demande pourquoi ce n’est pas un sujet de conversation plus important », s’interroge-t-elle. Le système hospitalier américain, affirme-t-elle, « est à pleine capacité dans de nombreux endroits et de nouvelles augmentations de la transmission peuvent nous faire basculer au bord de l’effondrement. Nous commencerons alors à voir une augmentation potentiellement énorme de la mortalité ».
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L’Inserm indique de son côté que le variant britannique représentait 1,4% des contaminations détectées en France lors de la première semaine de janvier, estimant qu’il deviendra dominant « entre fin février et mi-mars ». L’institut prévient par ailleurs que « les nouvelles hospitalisations hebdomadaires devraient atteindre le niveau du pic de la première vague (environ 25,000 hospitalisations) entre mi-février et début avril, en l’absence de mesures ». Et relève que « ces résultats montrent la nécessité de renforcer les mesures de distanciation sociale et d’accélérer la campagne de vaccination pour faire face à la menace du variant ».
Dans le même ordre d’idées, et pour se préparer à l’arrivée de ces variants sur le territoire national, le Haut conseil de santé publique recommande ce 18 janvier de ne plus utiliser, dès l’âge de 6 ans, les masques en tissu offrant une protection insuffisante contre ces variants et de préférer les masques chirurgicaux qui bénéficient d’une protection à plus de 90%.
Source : Science
