Le coronavirus, c’est bien connu maintenant alimente toutes les peurs. Le mystère persistant qui entoure le virus et les incertitudes qu’il fait peser laisse la voie libre à toutes les hypothèses. A ce jeu-là, les scientifiques ne sont pas de reste et contribuent à nourrir la grande confusion généralisée. L’une des craintes les plus tenaces depuis l’apparition du coronavirus réside dans ses capacités de mutation. La dernière prise de parole sur ce sujet est celle du désormais fameux Professeur Raoult s’inquiétant d’une mutation du virus le rendant plus virulent. Plus que jamais il est nécessaire de faire le point avec Lucy van Dorp, spécialiste en génomique microbienne à l’université de Californie (UCL), sur ce que nous savons aujourd’hui des mutations du coronavirus.
Début janvier, la première séquence du génome du SRAS-CoV-2 – le virus qui cause le COVID-19 – a été publiée sous le nom de « Wuhan-1 ». Cette chaîne de 30 000 lettres (les A, T, C et G du code génétique) a marqué le premier jour de la course à la compréhension de la génétique de ce coronavirus tout juste découvert. Aujourd’hui, 100 000 autres génomes de coronavirus prélevés sur des patients atteints de COVID-19 dans plus de 100 pays ont rejoint Wuhan-1. Les généticiens du monde entier exploitent ces données pour trouver des réponses. D’où vient le SRAS-CoV-2 ? Quand a-t-il commencé à infecter les humains ? Comment le virus mute-t-il – et est-ce important ?
Le terme « mutation » a tendance à évoquer des images de nouveaux virus dangereux aux capacités améliorées qui se répandent sur toute la planète. Et alors que des mutations apparaissent constamment et parfois se propagent — les premières mutations du CoV-2 du SRAS ont fait leur chemin dans le monde entier, le virus s’étant propagé presque sans être remarqué — les mutations sont une partie parfaitement naturelle de tout organisme, y compris des virus. La grande majorité d’entre elles n’ont aucun impact sur la capacité d’un virus à transmettre ou à provoquer une maladie.
Une mutation signifie simplement une différence, un changement de lettre dans le génome. Alors que la population du SRAS-CoV-2 était génétiquement essentiellement invariante lorsqu’elle a sauté dans son premier hôte humain fin 2019, plus de 13 000 de ces changements se retrouvent aujourd’hui dans les 100 000 SRAS-CoV-2 séquencés à ce jour.
Pourtant, deux virus provenant de deux patients quelconques, n’importe où dans le monde, ne diffèrent en moyenne que de dix lettres. Cela ne représente qu’une infime fraction des 30 000 caractères du code génétique du virus et signifie que tous les virus du SRAS-CoV-2 en circulation peuvent être considérés comme faisant partie d’une seule lignée clonale.
Mutation lente
Il faudra un certain temps pour que le virus acquière une diversité génétique substantielle. Le SRAS-CoV-2 mute assez lentement pour un virus, toute lignée acquérant quelques changements chaque mois ; deux à six fois moins que le nombre de mutations acquises par les virus de la grippe au cours de la même période.
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Néanmoins, les mutations constituent le fondement sur lequel la sélection naturelle peut agir. Le plus souvent, les mutations rendent un virus non fonctionnel ou n’ont aucun effet. Pourtant, il est possible que les mutations affectent la transmissibilité du CoV-2 du SRAS chez ses nouveaux hôtes humains.
C’est pourquoi des efforts intenses ont été déployés pour déterminer lesquelles des mutations identifiables depuis le séquençage du premier génome du CoV-2 du SRAS à Wuhan, le cas échéant, peuvent modifier de manière significative la fonction virale.
Une mutation tristement célèbre dans ce contexte est une modification de l’acide aminé de la protéine du pic du SRAS-CoV-2, la protéine qui donne aux coronavirus leurs projections caractéristiques en forme de couronne et leur permet de s’attacher aux cellules hôtes.
Il a été démontré que cette modification d’un seul caractère du génome viral – appelée D614G – augmente la contagiosité du virus dans les cellules cultivées en laboratoire, sans toutefois avoir d’impact mesurable sur la gravité de la maladie. Cette mutation est presque systématiquement retrouvée avec trois autres mutations. Ces quatre zones de mutation se retrouvent maintenant dans environ 80 % des cas de SRAS-CoV-2 séquencés, ce qui en fait l’ensemble de mutations le plus fréquent en circulation.
Le défi avec le D614G, comme avec d’autres mutations, est de démêler s’ils ont augmenté en fréquence parce qu’ils se sont trouvés être présents dans des virus responsables de la propagation des premières flambées épidémiques, ou s’ils confèrent vraiment un avantage à leurs porteurs.
Des mutations simplement transportées
Le D614G n’est pas la seule mutation trouvée à haute fréquence. Une série de trois mutations dans la coque protéique du SRAS-CoV-2 apparaît également de plus en plus dans les données de séquençage et se retrouve maintenant dans un tiers des virus. Une seule modification à la position 57 de la protéine Orf3a, une région immunogène connue, se produit dans un quart des cas.
D’autres mutations existent dans la protéine du pic, tandis qu’une myriade d’autres semblent induites par l’activité de notre propre réponse immunitaire. En même temps, il n’y a pas de consensus sur le fait que ces mutations, ou d’autres, modifient de manière significative la transmissibilité ou la virulence du virus. La plupart des mutations sont simplement transportées par le SRAS-CoV-2 qui continue à se propager avec succès.
Mais les remplacements ne sont pas les seules petites modifications qui peuvent affecter le CoV-2 du SRAS. Il a été démontré que les délétions dans les gènes accessoires Orf7b/Orf8 du CoV-2 du SRAS réduisent la virulence du CoV-2 du SRAS, ce qui peut provoquer des infections moins graves chez les patients.
Une délétion similaire pourrait s’être comportée de la même manière dans le CoV-1 du SRAS, le coronavirus apparenté responsable de l’épidémie de SRAS en 2002-2004. L’évolution vers un CoV-2 du SRAS moins virulent serait une bonne nouvelle, bien que des délétions dans l’Orf8 aient été présentes dès les premiers jours de la pandémie et ne semblent pas augmenter en fréquence.
Bien que des changements adaptatifs puissent encore se produire, toutes les données disponibles à ce stade suggèrent que nous sommes confrontés au même virus depuis le début de la pandémie. La diminution possible de la gravité des symptômes observée au cours de l’été est probablement due au fait que les personnes infectées sont plus jeunes, aux mesures de confinement (telles que la distanciation sociale) et à l’amélioration du traitement plutôt qu’à des changements dans le virus lui-même.
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Source : article de Lucy Van Dorp dans The Conversation
