Omicron : la piste du rhume

Le variant Omicron a probablement acquis au moins une de ses mutations en prélevant un extrait de matériel génétique d’un autre virus – peut-être celui du rhume, ou du SIDA, ou bien à partir du génome humain, selon une étude publiée en preprint sur OSF Preprints[1].

Virus « humanisé » ?

Cette séquence génétique (insertion ins214EPE) n’apparaît dans aucune version antérieure du SARS-CoV-2, mais est présente dans de nombreux autres virus, y compris ceux qui causent le rhume, le SIDA ainsi que dans le génome humain, ont expliqué les chercheurs.

Doté de cette séquence génétique particulière, Omicron pourrait se faire passer pour « plus humain », ce qui l’aiderait à échapper aux attaques du système immunitaire humain, a déclaré Venky Soundararajan de la société d’analyse de données nferences (Cambridge, Massachusetts) qui a dirigé l’étude.

Cela pourrait signifier que le virus se transmet plus facilement, tout en ne provoquant qu’une maladie bénigne ou asymptomatique. Même si les scientifiques ne savent pas encore si Omicron est plus infectieux que d’autres variants, s’il provoque une maladie plus grave ou s’il dépassera Delta en tant que variant la plus répandu. Il faudra plusieurs semaines pour obtenir des réponses à ces questions.

L’hypothèse d’une recombinaison rhume-SARS-CoV-2

Selon des études antérieures, les cellules des poumons et du système gastro-intestinal peuvent héberger simultanément le SARS-CoV-2 et les coronavirus du rhume. Une telle co-infection prépare le terrain pour la recombinaison virale, un processus par lequel deux virus différents dans la même cellule hôte interagissent tout en se reproduisant, générant ainsi de nouvelles copies contenant du matériel génétique provenant des deux « parents ».

Cette nouvelle mutation aurait pu se produire pour la première fois chez une personne infectée par les deux agents pathogènes lorsqu’une version du SARS-CoV-2 a récupéré la séquence génétique de l’autre virus, ont expliqué V. Soundararajan et coll.

La même séquence génétique apparaît plusieurs fois dans l’un des coronavirus qui provoque le rhume chez l’homme – connu sous le nom de HCoV-229E – et dans le virus de l’immunodéficience humaine (VIH), a déclaré Venky Soundararajan.

L’Afrique du Sud, où Omicron a été identifié pour la première fois, a le taux d’infections par le VIH le plus élevé au monde, ce qui affaiblit le système immunitaire et augmente la vulnérabilité d’une personne aux infections par les virus du rhume et d’autres agents pathogènes. Dans cette partie du monde, il y a de nombreuses personnes chez qui la recombinaison aurait pu se produire, a déclaré Venky Soundararajan.

« Nous avons probablement raté de nombreuses générations de recombinaisons » qui se sont produites au fil du temps et qui ont conduit à l’émergence d’Omicron, a ajouté le chercheur.

Les cellules humaines : « bac à sable » évolutif ?

Des recherches supplémentaires seront nécessaires pour confirmer les origines des mutations d’Omicron et leurs effets sur la fonction et la transmissibilité. Il existe d’ailleurs d’autres hypothèses qui suggèrent que le variant pourrait avoir passé un certain temps à évoluer chez un hôte animal.

En attendant, a déclaré Venky Soundararajan, ces nouvelles données soulignent l’importance de la vaccination. « Il faut vacciner pour réduire les risques que d’autres personnes immunodéprimées rencontrent le virus SARS-CoV-2 », a-t-il insisté avant de conclure : « Il est nécessaire de comprendre la fonction de cette mutation et de savoir si les cellules hôtes humaines sont exploitées par le SARS-CoV-2 en tant que « bac à sable évolutif » pour l’interaction génomique hôte-virus et inter-virale. »

[1] Soundararajan V et coll. Omicron variant of SARS-CoV-2 harbors a unique insertion mutation of putative viral or human genomic origin. Ofspreprint

Source Reuters Health Information/Medscape